Placée directement sous la tutelle du roi jusqu'en 1863, l'Ecole des beaux-arts se voit dotée, par le décret impérial du 13 novembre 1863, d'un directeur nommé pour cinq ans. Longtemps placée sous la tutelle du ministère de l'Instruction publique, elle est, depuis le 26 octobre 1984, un établissement public à caractère administratif, sous tutelle du ministère de la Culture et de la communication (Délégation aux arts plastiques).
Communément nommés 'les Beaux-Arts', c'est une école d'art prestigieuse dans le monde entier, qui forme un nombre important d'artistes et d'architectes étrangers (notamment américains et sud-américains).
La discipline Architecture, jusqu'en 1968, faisait partie intégrante de celles enseignées à l'ENSBA. André Malraux, ministre de la Culture, pour rompre avec l'académisme et calmer les conflits politiques, crée alors une vingaine d'unités pédagogiques d'architecture (UPA) sur tout le territoire, brisant l'unité des disciplines des Beaux-Arts mais évitant le rattachement de l'enseignement de l'architecture à l'Université. Les UPA ont été transformées depuis en écoles nationales supérieures d'architecture (ENSA).